Objavio je romane Kad magle stanu, 2002., Živi i mrtvi, 2002., Psi i klaunovi, 2006., Tragom zmijske košuljice, 2007., Čuvari mostova, 2007., Ljudi koji su sadili drveće, 2010., Planet Friedman, 2012., Svježe obojeno, 2014., Božji gnjev, 2015., Majstorović i Margarita, 2016., Bezdan, 2016., Crni gavran i bijele vrane, 2018., Skica u ledu, 2018., Evanđelje po Barabi, 2019., i O zlatu, ljudima i psima, 2020., te zbirke priča Puževa kućica, 1997., Odraz u vodi, 2002., Obiteljska slika, 2002., i Ponoćno sivo, 2004.
Roman Živi i mrtvi donio mu je 2002. V. B. Z.-ovu nagradu za najbolji neobjavljeni roman. Istoimeni film u režiji Kristijana Milića osvojio je osam Zlatnih arena na Pulskom festivalu i mnoštvo drugih filmskih nagrada. Nagradu Vladimir Nazor 2014. dobio je za roman Svježe obojeno, a nagradu za najbolji domaći kriminalistički roman dobio je dva puta, za Božji gnjev 2014. i za Crni gavran i bijele vrane 2018. Za roman Skica u ledu dobio je Nagradu Mirko Kovač 2018. godine.
Evanđelje po Barabi
Rimske su legije odavno pokorile Judeju i okolne zemlje, a Židovi očekuju poslanika i istovremeno snuju pobunu protiv svojega kralja izdajnika i rimskih osvajača. Među brojnim prorocima jedan se svojim načinom izdvaja; riječ je o Isusu. O njemu su ispisane nebrojene knjige, junak je brojnih romana, a iako imamo malo povijesnih zapisa iz Judeje toga vremena, zahvaljujući materijalnim dokazima znamo mnogo. Josip Mlakić odlučio je napisati roman iz perspektive jednoga od najomraženijih likova iz Biblije, židovskog pobunjenika Barabe, onoga kojega je Poncije Pilat ostavio na životu. Pišući Evanđelje po Barabi, Mlakić stvara sliku Judeje i Isusova života iz druge perspektive, plastično nas uvodeći ne samo u povijesne već i političke dileme svojih junaka, onih istih koje znamo iz apokrifnih i neapokrifnih evanđelja.
Mlakićevo Evanđelje po Barabi roman je o Isusu i pobuni, roman o očuvanju Hrama i izgradnji novoga, podjednako povijesni i suvremeni roman o ljudskim manama, izdajama, sumnjama i idealima. Evanđelje po Barabi roman je koji čitatelja tjera da misli o velikim pitanjima čovjekova postojanja i malim koracima koji pokazuju njegovu humanost.
Skica u ledu
Na rock-koncertima najvećih svjetskih zvijezda u Njemačkoj, a zatim i diljem Europe zaredala su ubojstva djevojaka. Iskusni inspektor kölnske policije Thomas Schweiner prvi je posumnjao da je riječ o serijskom ubojici, koji ne preže ni od čega i koji mu je postao opsesija, ubojici kojeg lovi već više od desetljeća, od kraja 1980. i koncerta grupe Whitesnake. Inspektora će tragovi odvesti u Bosnu i Hercegovinu, u ratni vihor, koji će iznjedriti neka nova prijateljstva i brojne neočekivane izdaje.
Skica u ledu počinje kao napeti krimić, prerasta u ratni roman, da bi završila kao distopija, no prije svega to je priča o dvojici braće, o njihovim sasvim oprečnim karakterima i njihovim prijateljima iz bosanskoga gradića s kojima dijele sudbine. Josip Mlakić virtuozno, bešavno spaja svoje opsesivne teme i ispisuje veličanstvenu, gotovo biblijsku priču u kojoj blagost i grubost idu ruku pod ruku, u kojoj se događaju čudesa, ali i neopisive strahote. Skica u ledu roman je u kojem se isprepleću nevjerojatni matematički zadaci i okrutna ubojstva, ratni zločini i umjetničke slike, koji nepravdu života dovodi u sklad, a kaos u red kakav može stvoriti samo ljubav.
Mlakić je odličan u građenju svojih likova pa tako jednako uvjerljivo oslikava lik bezdušnog psihopata Jazije, kao i njegova normalnog i iznimno inteligentnog brata Borisa koji čak nastoji i kroz matematiku doći do rješenja svog zla koje se događa u Bosni i Hercegovini. Posebno je dojmljiv lik intelektualca i umjetnika Darka koji je po mnogočemu simbol nekadašnje Bosne i Hercegovine, predobar i premiran da bi opstao u kolopletu mržnje, nasilja i egoizma. Impresivan je način na koji Mlakić gradi ovaj veliki roman. Osim distopijskog futurističkog dijela koji se prostire na pedesetak stranica, sve su drugo kratke epizode od svega nekoliko stranica koje romanu osiguravaju privlačan rock ritam, čak i kad radnja nije vezana uz rock glazbu što je slučaj u prvoj knjizi. U te epizode likovi »ulaze i izlaze« na prvi pogled kaotično i bez reda, ali sa svakom novom pročitanom stranicom ukupna slika postaje bogatija i ljepša pa sve uočljivije postaje kako Mlakić majstorski tka svoj literarni sag, odnosno slaže mozaik od kojeg su stvorene ponajbolje literarne freske.
Svježe obojeno
Gledajući TV-emisiju o iskopavanju masovne grobnice, Klara unaprijed zna da su tamo dva dječja kostura, a njezina majka zna da je došao čas da joj kaže sve o njihovu bijegu iz Bosne. Klara i njezina majka u Švedsku su došle kao izbjeglice iz Bosne i Hercegovine, a danas, dvadesetak godina poslije, ne prestaje njezina opsjednutost dječjim lutkama u izlozima, premda se svoga djetinjstva tek mutno sjeća. Nakon što joj umre majka, Klara na osnovi njezinih priča piše tekst o svom spasu iz rata, koji je nazvala Bijeg u Egipat.
U romanu Svježe obojeno Mlakić uspostavlja izravni dijalog s romanom Cesta Cormaca McCarthyja ispisujući jedinstvenu, dosad neispričanu priču o ratu u Bosni.
Svježe obojeno govori o mnogim pitanjima: odnosu roditelja i djeteta, sreće i patnje, prošlosti i sadašnjosti, ali Mlakić najviše progovara o bešćutnosti sadašnjeg vremena.
Svježe obojeno roman je koji nam kazuje da bez poznavanja prošlosti, bez otiska svoga kažiprsta na svježe obojenoj površini kao znaka nas danas i jučer, ipak ne možemo krenuti dalje.
Crni gavran i bijele vrane
Kada na šumskome putu u središnjoj Bosni pronađu mrtvo, poluraspadnuto muško tijelo s tetovažom na arapskome, policijski inspektori Vinko Marić zvan Sećija i Sadik Šarić smatraju da će to biti još jedan slučaj u nizu koji će brzo zaključiti i nastaviti raditi po uobičajenoj shemi. Dva inspektora jednako kao i svi oko njih, od Sanele, tajnice zaposlene po vezi, do nadređenog šefa, ali i lokalnih i državnih političara, teže samo jednome – kako se obogatiti, živjeti lagodno bez prevelikog rada, od namještenih kladioničarskih rezultata, i uživati u nekom od poroka, od droge do seksa. No slučaj smrti tajanstvenog mladića sve će ih dovesti u škripac, a dvojica će inspektora usprkos upozorenjima željeti razmotati klupko koje vodi do Višegrada i ratnih zločina silovanja, domova za ratnu siročad, ucjena televizijskih zvijezda, poslova s mafijom…
Inspektori Sećija i Sadik junaci su tranzicijskoga poratnog doba koji savršeno ocrtavaju bosansku svakodnevicu premreženu interesima, lažnim prorocima i novopečenim bogatašima. Crni gavran i bijele vrane istinski je tvrdokuhani krimić, svijet u njemu nije ocrtan ni crno-bijelo ni u nijansama sive, već onakav kakav jest, a u njemu ima mjesta samo za ptice grabljivice i lešinare. Svaki Mlakićev lik, često doveden do krajnosti svoje moguće egzistencije, ima svoje razloge da bude razočaran, ali nijedan ne traži pravdu, već prije svega osvetu.
Opsegom nevelik roman Mlakić je ispripovijedao već svojim prepoznatljivim kvalitetnim stilom, u kojem sjajne dijaloge – vođene i na ekavici i na ijekavici – slijede odlični opisi i zanimljiva radnja koja slijedi poetiku filmskog izražavanja, tjerajući čitatelja i da „sudjeluje“ u istrazi ubojstva, ali i upoznaje se sa današnjicom Bosne koja, bar u nekim svojim negativnim dijelovima, nije ni toliko daleko od današnjice Hrvatske. Mlakić je nedvojbeno stvorio još jedan dobar roman te još jednom potvrdio kako kroz zanimljive priče i likove uspješno prati stvarnost zemlje u kojoj živi.
Planet Friedman
U bliskoj budućnosti svijet se sasvim izmijenio, ne postoje ni države ni vlade, svijetom su zavladale korporacije, a naš se planet zove Friedman. Ljudi žive u zonama sukladno svojem statusu – zona A rezervirana je za elitu, zona B za one koji se još možda i mogu nadati, a u zoni C nalaze se odbačeni. Pohlepa i novac pokreću svijet, one su apsolutne vrline, emocije su beskoristan balast, roditelji i djeca žive odvojeno, a ekološka katastrofa ne brine nikoga.
Liječnik Gerhard Schmidt savršeni je pripadnik elite. Zaposlenik je moćne farmaceutske kompanije zadužen za razvoj dopinga i atletičarsku zvijezdu Paulu Bolt. Stimulansi sportašima uobičajeni su i poželjni, a sportske su igre uz reality showove najomiljenija zabava pučanstva. Paula Bolt donijela je iz zone B, u kojoj je odrasla, knjige, kojih na planetu više nema. Shakespeare i Yeats izmijenit će Schmidta i on će pomoći Pauli u potrazi za tajanstvenim vođom revolucije.
Planet Friedman jednoga od najboljih suvremenih pisaca Josipa Mlakića prepun je aluzija na velike kompanije i našu stvarnost. Ova antiutopija snažno progovara o svijetu danas, o ispraznosti, reklamnoj buci i stvarnim vladarima našeg planeta. Mlakićevi junaci u okrutnom svijetu lišenom emocija polako pronalaze zrnca ljubavi i pružaju nadu, no je li nada dovoljna da se svijet promijeni?
Svijet Mlakićeva romana podsjeća na onaj Philipa K. Dicka i njegovog romana koji je poslužio kao predložak jednom od najboljih SF-filmova svih vremena, Blade Runneru, i na sličan način postavlja pitanja o osjećajnosti, prirodi i smislu ljudskosti. Planet Friedman, koji se temelji na novcu, pohlepi, tržištu, korporacijama i pokojem reality showu, koji je Mlakić začinio aluzijama na slavna imena čitateljeve sadašnjosti i tipičnim SF detaljima, zapravo je poprište ljudskih drama i preobražaja te jakih pojedinaca koji ne pristaju na stroga i neljudska pravila sustava. Planet Friedman funkcionira na tri razine - kao uspješan primjerak svog žanra, kritika svijeta u kojem živimo, ali i roman koji nudi optimističku nadu da nikad nije sve tako sivo. Ili crno.